Die Lebensgemeinschaft der Thaya ändert sich natürlich, so wie in jedem Gewässer, je nach Fließgeschwindigkeit, Tiefe, Breite und Entfernung vom Ursprung.

Aufgrund der artenmäßigen Zusammensetzung unterscheidet man mehrere Regionen, von denen die Barbenregion den größten Anteil in dem beschriebenen Revier besitzt.
Sie ist, wie die Brachsenregion, eine Zone des Tieflandflusses. Dies entspricht dem Gefälle und der Breite der Thaya im Waldviertel. Die wichtigsten Fische dieses Lebensbereiches sind die Barbe und die Nase. Diese Region wird häufig von Flussstauen ( Sägewerke, Kleinkraftwerke, aufgelassene Mühlen ) unterbrochen. Dadurch ergibt sich eine innere Gliederung der Staubereiche in Kies-, Übergangs- und Sand- bzw. Schlammzone.
Die Kieszone entspricht einer Barbenregion, währen die Sand- bzw. Schlammzone fast alle Merkmale einer Brachsenregion zeigt. Der Leitfisch ist hier die Brachse.


Folgende Fischarten sind in diesen zwei Regionen anzutreffen:


Karpfen:   wird besetzt. Vereinzelt kommen auch Wildkarpfen vor, die,  wenn möglich zurückgesetzt werden sollten, um durch Vermehrung eine entsprechende Population zu erreichen.

Hecht:   Vermehrt sich in der Thaya selbstständig und ist die wichtigste Raubfischart.

Wels:   Diese Art ist der größte Räuber in der Thaya mit einer maximalen Länge von ca. 2 Metern und einer Masse von bis zu 40 kg. Im Bereich der beschriebenen Reviere ist sein Vorkommen als häufig zu bezeichnen. Er liebt das ruhige Wasser der Aufstauungen.
         
Zander:   wird besetzt.

Aal:   Dieser Fisch ist nachtaktiv. Er wird aber auch untertags wie der Wels gefangen, wenn das Wasser durch Gewitterregen trüb ist. Nur Besatzfische können in der Thaya gefangen werden, da der Aal keine Möglichkeit zum Einwandern hat.
Ein Spruch zum Aalfang: "Den Wels und den Aal fängt man von Laubtrieb bis zum Laubfall"                                                                                                                                   
Rapfen:   Er wird häufig mit dem Aitel verwechselt. Er ist aber ein Räuber, der im Maul feine Zähnchen besitzt. Aitel hingegen besitzen nur Schlundzähne zur Nahrungszerkleinerung.                 

 
Zusätzlich sind folgende Fischarten mehr oder weniger häufig in den verschiedenen Zonen anzutreffen:

 Aalrutte, Aitel, Bachforelle, Barbe, Brachse, Flussbarsch, Gründling, Kaulbarsch, Laube, Nase, Rotauge, Rotfeder, Regenbogenforelle, Schneider, Schleie und Zährte.

Mit diesen vorkommenden Fischarten ist die Thaya ein artenreiches Fließgewässer Österreichs.